Không cắt amidan cho trẻ dưới 5 tuổi vì ở tuổi này nếu cắt sẽ ảnh hưởng đến chức năng miễn dịch của trẻ và amidan có khả năng phát triển tiếp.
Những đối tượng mắc phải các bệnh lý như rối loạn đông máu, suy tim, hay chảy máu… đều không được chỉ định cắt bỏ amidan. Cắt amidan cũng không áp dụng cho các trường hợp đang bị viêm nhiễm cấp tính tại amidan, viêm nhiễm tại mũi, xoang và viêm nhiễm toàn cơ thể như mắc bệnh sởi, cúm, sốt xuất huyết. Phụ nữ đang trong kỳ kinh nguyệt, đang mang thai, có dấu hiệu bệnh mạn tính như tiểu đường, bệnh gan, lao… đều không được chỉ định cắt bỏ amidan.