Theo PGS.TS Nguyễn Thị Việt Hà (Trưởng khoa tiêu hóa, Bệnh viện Nhi Trung ương), nhiều trường hợp bị viêm loét dạ dày vì lạm dụng bún, đồng thời nhai bún không kỹ. Bác sĩ khuyên phụ huynh nên hạn chế cho trẻ nhỏ ăn bún. Những người đang mắc bệnh về tiêu hóa không nên ăn bún vì nếu ăn nhiều bún dễ bị đầy hơi, chướng bụng, khó tiêu, hại dạ dày.
Bên cạnh đó, một số ít cơ sở sản xuất bún có thể sử dụng chất làm trắng hay hàn the... vì thế phụ nữ sau sinh không nên ăn bún, nếu chẳng may ăn phải loại bún kém chất lượng như vậy sẽ gây ảnh hưởng đến cả mẹ lẫn con.